Delovanje ISCOMET inštituta je usmerjeno predvsem na naslednja področja:
- procesi povezovanja in integracije v Evropi, posebej odnosi med sosedi,
- človekove pravice, varstvo manjšin in med etnični odnosi,
- preprečevanje in mirno reševanje etničnih konfliktov,
- problemi etnične identitete migrantov,
- regionalizem in regionalno sodelovanje,
- regionalno planiranje in razvoj,
- čezmejno regionalno sodelovanje,
- mednarodne regionalne skupnosti,
- kulturna dediščina etničnih, narodnih in verskih manjšin,
- arhitekturni spomeniki manjšin in spomeniki tradicionalne regionalne arhitekture,
- ohranjevanje evropskih regionalnih krajinskih značilnosti,
- dejavnosti mednarodnih vladnih in nevladnih organizacij na področju delovanja Inštituta.